Als preußischer Offizier versuchte er, Preußen zum Aufstand gegen die napoleonische Fremdherrschaft zu bewegen. Er zog mit seiner Husarenschar nach Stralsund, um seinen Kampf hier fortzusetzen. Schill fiel am 31. Mai 1809 im Straßenkampf gegen die französische Übermacht. Einen Tag später trennte man den Kopf von seiner Leiche und schickte diesen dem Bruder Napoleons, Jerome von Westfalen. Schills Rumpf wurde auf dem St. Jürgen Friedhof verscharrt. Der Kopf Schills gelangte in eine Naturaliensammlung im holländischen Leiden bevor er im Jahre 1837 in Braunschweig beigesetzt wurde. Bei den Kämpfen in Stralsund wurden insgesamt 557 Offiziere, Unteroffiziere und Soldaten des Schill´schen Korps gefangen genommen. 14 von ihnen erschoss man willkürlich im Juli 1809 in Braunschweig. 11 Schill´sche Offiziere verurteilte ein Kriegsgericht „wegen Straßenräuberei“ zum Tode. Sie starben am 16. September 1809 auf den Lippewiesen in Wesel. In Stralsund erinnern der Schillstein in der Fährstraße, das Schilldenkmal am Olof-Palme-Platz und sein Grab auf dem St. Jürgen Friedhof am Knieperdamm an Ferdinand von Schill. Desweiteren befindet sich ein Gedenkstein seines Kampfgefährten Friedrich Gustav von Petersson am Kniepertor.